隨着“誰的萬科”持續發酵，公司的事業合夥人持股計劃也被推向風口浪尖，甚至面臨“內部人控制”的指控。此前有報道稱，萬科的事業合夥人持股計劃作為公司內部激勵和分配的重要手段，缺乏透明度，而這也是寶能提議罷免萬科董事會成員的理由之一。那麼，萬科的事業合夥人持股計劃究竟是怎樣產生的，其背後又有哪些不為人知的細節？
記者查閱資料後發現，合夥人持股計劃並不屬於萬科的內部激勵機制，而是萬科EP（經濟利潤）獎金制度的一種延伸，屬於激勵對象的自願行為。資料顯示，2010年前，萬科的薪酬主要包括固定薪酬、基於每季度銷售額的銷售獎和基於當年利潤的年終獎等幾大塊。在2010年，萬科對薪酬結構做了一項重大調整，一方面削減了銷售獎、年終獎，另一方面引入了基於當年創造的經濟利潤的EP獎金制度。
據瞭解，2010年萬科推出EP方案，很大程度上也是受到了當時第一大股東華潤的影響和啓發，雙方還曾就這一問題進行深入探討。而且，EP獎金的設計思路事實上也源於當時國資委大力倡導的基於國企經濟增加值的考核體系，只不過萬科的EP獎金方案更加嚴格，用於計算EP的資本機會成本等指標，還遠高於國資體系。
2010年10月21日，萬科第15屆董事會第12次會議以8票贊成，0票反對，0票棄權通過了關於完善整體薪酬體系的議案，公告顯示，當時在公司任職的三位董事王石、鬱亮、肖莉作為議案的關聯董事對該議案迴避表決。隨後，萬科在當年的年度報告中披露了經濟利潤獎金方案：“公司對業績考核體系進行了調整，進一步強化了淨資產收益率、淨利潤增長率等經營指標的要求，此外還引入EP作為卓越績效獎金考核的指標”。
至2014年，萬科對EP獎金方案做了一次比較大的調整，修訂為取消當期發放的個人獎金，每年提取的經濟利潤獎金全部作為集體獎金，需封閉運行三年，期間不得進行分配。也正是在這一年，萬科開始提出“事業合夥人”概念，EP獎金制度也演變為合夥人持股計劃。為了提振市場信心，萬科EP獎金獎勵對象一致同意將遞延的集體獎金委託給盈安合夥，並引入融資槓桿，在二級市場買入萬科A股。
2014年4月，萬科EP獎金的獎勵對象發起並召開萬科持股計劃合夥人大會。合夥人大會執委會委員於文安當時在接受採訪時表示，持股合夥人大會是EP獎勵對象為管理運作EP獎金而成立的自治組織，僅僅針對EP獎金管理、投資、兌現事宜，並非公司組織機構的一部分，和公司沒有隸屬關係，更沒有權力干預公司經營。執行委員會是合夥人大會的執行機構，負責具體辦理相關的事宜。
2014年5月28日，合夥人持股計劃首次在二級市場出手增持萬科A股股票。萬科當時公告稱，代表公司1320名事業合夥人的盈安合夥於當日購入公司A股股票3583.92萬股，佔公司總股本的0.33%。公告同時表示，後續，盈安合夥每次累計增持金額達到4億元將發佈通知，而萬科也將根據有關通知進行披露。
從2014年5月到2015年1月，萬科累計披露了11次合夥人持股計劃購買股票的信息。截至2015年1月27日，盈安合夥認購的證券公司集合資產管理計劃已合計持有4.94億股萬科A股，佔公司總股本的4.48%。